日本の国籍と外国の国籍とを併せ持つ二重国籍者が日本に入国する際には、日本人として（日本旅券を持って）入国することが原則です。
仮に、外国の旅券のみを所持して入国しようとする場合には、表見上は外国人ですので、査証を必要とし、上陸に際しては実質上日本人でありながら外国人として在留資格をもって在留することとなってしまいます。
二重国籍者が日本に帰国する際に、日本旅券の発給を受ける時間的余裕がなく、やむを得ず外国旅券で来日（帰国）する場合もございます。
このような場合には、上陸港での上陸審査に際して日本国籍を保有していることを立証する文書（戸籍謄本等）があれば、日本人として帰国の確認を受けることがありますが、日本の国籍を保有することを証明できない場合には、外国人として上陸が許可され、在留資格および在留期間が決定されます。
外国人として上陸を許可された場合でも、上陸後、戸籍謄本等の日本国籍を保有することを立証する資料を添えて地方入国管理局・支局・出張所に上陸証印の抹消を願い出て、上陸証印（在留資格）を抹消してもらうこともできます。
二重国籍者が日本から出国する場合には、原則として日本旅券で出国することとされております。
